開発に使いたいiPhoneを接続しておいて、xcodeのメニューから Window > Organizer を選択してOrganizerを起ち上げます。
ウィンドウの上段のメニューからDevicesを選ぶと、接続したiPhoneがあるので、それを選択すると認識されるようになります。
iPhoneのOSをバージョンアップしたから、認識されなくなったのかな…と。
しかしあれです。一進一退というか、iOS6だと奇妙な動作をするようになってしまいました…。公開まではまだしばらくかかりそうです…。とほほ。